でんぷん質の原料からアルコールを造るには、糖化と呼ばれるでんぷんを糖に分解するプロセスが必要です。ビールやウイスキーでは麦芽を利用しますが、日本酒や焼酎などの伝統的な日本の酒では、麹菌と呼ばれる特殊な菌で糖化を行います。麹を使う技術がいつ、どのように日本に持ち込まれたのかは定かではありませんが、古代中国から稲作と並行して伝わったとされています。

8世紀には、国内で酒造りに麹を使用した最初の記録が残っています。その後、この手法は各地で洗練されていきますが、この清酒作りの技術が焼酎のもろみづくりの根底にあるのは言うまでもありません。

1546年、ポルトガルの商人ホルヘ・アルバレスは、『日本の諸事に関する報告』の中で焼酎について書いています。これが、焼酎の最も古い記録です。アルバレス氏は、現在の鹿児島県指宿市である「山川地域では米から作られたオラクア（蒸留酒）を飲んでいた」と書いています。

13年後の1559年、鹿児島北部の神社の木造構造に神社の工事に携わっていた大工が上司の「焼酎」という言葉とともに上司への苦情を書き込みました。「座主が大変なケチで焼酎を一度も振る舞わず、迷惑なことだ」と書かれています。これが、日本における焼酎の最古の記録です。

アルバレス氏の記述や他の歴史的文書の記録に見られるように、16世紀の焼酎は、米（酒粕を含む）が主原料でした。地元で入手可能な材料に応じて、主原料が多様化したのは少し後のことです。

南米原産のサツマイモは、17世紀初頭に中国から沖縄に伝来し、その後、鹿児島や鹿児島本土に持ち込まれました。サツマイモは鹿児島の土壌でよく育ち、すぐに焼酎の原料としても使われるようになりました。橘南谿は1782年から83年にかけての紀行文「西南記」で、鹿児島のさつまいも焼酎を称賛しています。本書には、さまざまな種類のキビからも焼酎が造られていると記録されています。また、壱岐島では、米の多くが年貢に取られるものの、麦は年貢の対象外だったため、17世紀から農家が麦から焼酎を造るようになりました。

軽い味わいの麦焼酎が開発されたことにより、九州以外の人々も飲みやすくなり、1970年代後半から1980年代初頭にかけて全国初の焼酎ブームが起こりました。この突然の人気により、焼酎に対するイメージが、地域的な酒から気軽に飲める国民的な酒に変わりました。

一次焼酎ブームの後、人々はより新しい風味の製品を求め始めました。その結果、2000年代初頭の第二次焼酎ブームでは、独特な風味を持つ焼酎が脚光を浴び、伝統的なサツマイモ焼酎なども人気を博しました。